Intézményünk Győr-Moson-Sopron megye országos jelentőségű természetvédelmi területeinek gazdája. A Bakonyaljától a Soproni-hegységig a Dunától a rábaközi rétekig, tölgyesekig sok természeti szépséget védett és védelemre érdemes táji értéket őrzi vidékünk.
Nemzeti Parkunk a vele összefüggő ausztriai nemzeti parkkal együtt 1991 óta az IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources Nemzetközi Természetvédelmi Unió) által elismert, védelmi zónák szerint kezelt terület, amelynek magva a legnyugatibb eurázsiai sztyepptó, a Fertő. Kiemelkedően értékes növény és állatvilága miatt 1977-óta a Fertő-tó hazai részén 1976-óta pedig a Hanságban e vidék tájvédelmi körzeti rangot kapott.
1979-ben az UNESCO-MAB Program keretében Bioszféra Rezervátummá nyilvánították. 1989-óta ramsari terület, tehát a vizes élőhelyekről szóló Ramsari- egyezmény egyik kiemelt objektuma. Nemzetközi elismertségét bizonyítja, hogy az egész Fertő-táj, szívében a magyar és osztrák nemzeti parkokkal, s a part-menti településekkel körülölelve az UNESCO Világörökség Egyezménye (World Heritage Convention) 2001. december 13-i döntése alapján világörökség rangot kapott.
Ezt a csodálatos magyar tájat természetvédelmi szempontból felügyelő, gondozó-kezelő, kutató, a környezeti nevelés elvei szerint oktatással és bemutatással feltáró intézmény a mi Igazgatóságunk.
A nemzeti park mellett mi végezzük a természetvédelmi munkát a Pannonhalmi Tájvédelmi Körzetben is, ahol a táj legnagyobb kulturális értékeként a szintén világörökség rangot elnyert Bencés Apátság magaslik.
A Szigetközi Tájvédelmi Körzetben az elrabolt Duna ártéri-hullámtéri élővilágának megmentéséért dolgozunk, s különös természeti-táji értékként a Soproni-hegység Tájvédelmi Körzet fenntartása-kezelése is a mi feladatunk.
A védett parkok, botanikus kertek, lápok, szikesek, kunhalmok és földvárak megőrzése is Igazgatóságunk gondjai közé tartozik.